Para lograr ejecutar estos objetivos de trabajo con los mejores resultados, la Fundación ECOMABI estructura sus labores en cuatros áreas de trabajo principales:

Ecología y Biodiversidad

El área ecología y biodiversidad tiene como objetivo el desarrollo de estudios científicos que permitan aumentar el conocimiento respecto a aspectos inherentes a la conservación biológica. Para ello desarrollamos estudios tanto de ciencia básica, como aplicada, pero siempre orientado a que los resultados se transformen en un aporte para la conservación de nuestros ecosistemas y su biodiversidad.

Gestión Ambiental

El área de gestión ambiental busca desarrollar iniciativas orientadas a la generación de estrategias que permitan prevenir o mitigar los problemas ambientales causados por las actividades humanas. Dentro de esta área se incluye aspectos como políticas públicas, ordenamiento territorial, uso sustentable de recursos naturales, descontaminación y estudios de impacto ambiental.

Eduación Ambiental

El área de educación ambiental busca desarrollar iniciativas orientadas a la difusión y transferencia de información ambiental a la comunidad, de manera de fomentar la valoración de los recursos naturales, y de esta manera generar un cambio de actitud orientada a la conservación ambiental.

Desarrollo Social

El área de desarrollo social  tiene como objetivo la generación de proyectos cuyo foco de atención principal son las comunidades locales, buscando diseñar estrategias que promuevan un desarrollo económico y cultural basado en el uso sustentable de los recursos naturales.